高等教育研究所成立于1986年，主要承担有关高等教育问题的理论和实证研究、本校改革发展的调研和咨询、以及研究生培养等任务。高等教育研究所的前身是教务处辖下的高教研究室，1986年1月正式成立独立建制的高等教育研究所。经过30余年的建设，高等教育研究所不断发展，在机构功能、队伍结构、工作领域、设施设备、图书资料等方面均有了很大的变化。

本所目前共有教职员工18人，其中专职研究人员14人、期刊编辑2人、行政人员2人。专任教师中，5人具有正高级职称、6人具有副高级职称、3人具有中级职称。国内外聘请兼职研究人员10余人。引进讲座教授1人，聘任校外兼职教育硕士研究生导师54人。

人才培养方面，我所现设有三个硕士学位点、一个博士学位点以及一个教育专业硕士点。高等教育学专业硕士学位点（1996年获准，1997年首次招生），主要培养高等教育问题研究高级专门人才。硕士生毕业后大多在高等院校任职。教育经济与管理专业硕士学位点（2003年获准，2004年首次招生），主要培养教育经济问题研究高级专门人才。从前几年就业的情况看，该专业毕业生的就业形势很好，他们大多在国内大型公司和高等院校任职。课程与教学论专业硕士学位点（2005获准，2006年首次招生），主要培养课程与教学问题研究高级专门人才。教育经济与管理专业博士学位点（2012年获准授权，2013年首次招生），主要培养具有本学科重大问题研究能力的高级专门人才。

研究方面，我所立足于为学校改革发展服务，紧密配合校内各项改革开展专题研究，积极为学校的发展规划和重要决策提供信息与咨询。同时，积极承接国家、上海市、学校职能部门的研究课题，取得了不少研究成果。建所以来，已出版专著、教材和译著30多部，发表各类学术论文500余篇，获国家奖三项，部委省市级奖十六项。自2020年以来，共出版专著5部，译著2部，在SSCI期刊发表论文8篇，在CSSCI期刊上发表论文66篇，立项纵向科研项目13个，获得横向经费700余万元。另外，1986年高等教育研究所创办了内部刊物《复旦教育》，为学校的改革发展提供了学术交流和信息传播的平台。2002年5月，经国家新闻出版署批准，《复旦教育》与原上海医科大学的《国外医学—医学教育分册》合并，自2003年起创办《复旦教育论坛》(双月刊)，面向国内外公开发行。经过几年的努力，《复旦教育论坛》自2007年12月起先后被评为《中文核心期刊要目总览》核心期刊，中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊，《中国学术期刊评价研究报告》A类核心期刊，“复印报刊资料”重要转载来源期刊，中国人文社会科学A类核心期刊。

学术交流方面，我所与美国、加拿大、英国、日本、中国香港、中国台湾等地20多所大学的教育学院或教育研究机构建立起了密切的学术合作关系，并且经常开展学术交流活动。另外，近年来，我所还多次组织召开了国际国内高等教育学术研讨会。